日本的基因組網站，包含資料庫、生化途徑、分析服務及相關之分子生物與細胞資訊之搜尋。主要項目包含：KEGG、SSDB、clustalW、FASTA及BLAST。

京都基因及基因組百科全書是系統分析基因功能、聯繫基因組資訊和功能資訊的資料庫。基因組資訊儲存在Gene數據庫中，儲存完整和部分定序的基因組序列，而更進階的功能資訊包含於PATHWAY資料庫裡，包括圖解細胞生化途徑如代謝、膜轉移，訊息傳導等

 

世界上三大主要DNA資料庫之一，為美國於1988年根據public law 100-687而建立，隸屬於美國國家圖書館，位於美國國家衛生研究院，管理以及提供生物相關資訊，供學術單位及學者使用。除維持GeneBank外，NCBI主要的服務項目有六項：PubMed、ENTREZ、BLAST、OMIM、Books、TaxBrowser及Structure等

歐洲著名的生物資訊網站，專門負責EMBL研究成果之處理，建立DNA序列資料庫，同時負責維護SWISS-PORT蛋白質序列資料庫，可由網路查詢各種序列，提供與生物學有關的各種資訊、資料庫、軟體工具及基因組等

EBI中分析蛋白質的網頁，其中包括了古細菌（Archaea）, 細菌 （Bacteria）和真核細胞的蛋白質。CluStr可將有關係和同質性高的蛋白質進行分類，而Go Slim和InterPro可了解該蛋白質歸類在何種蛋白質家族中

EBI中儲存viruses、phages、organelles、Archaea、Bacteria、Eukaryotes等完整基因組的網頁

EMBL內分析不同生物DNA或蛋白質序列的相關意義序列聯盟。其排列能夠了解相似和相異之處。透過Cladograms或者Phylograms觀察其進化關係

輸入未知的蛋白質，此網站可模擬出可能的蛋白質3D結構，再將結果以電子郵件回覆

提供各種分子生物、細胞與生化方面實驗的分析方法、技術及原理，如DNA純化、定序、蛋白質分析等，同時也有相關網站的連結及書籍期刊資訊可供研究人員多方查詢

白頭鳥學院(研究所)在1990年建立，其中心在人類基因研究為國際領導者之一，研究方向為健康和疾病相互作用。在此可得到相關最新資訊與近期研究方向與結果

收集了與癌症發生之相關基因的訊息，如前致癌基因與腫瘤抑制基因；其資訊包括了腫瘤相關基因的蛋白質大小、生化活性及染色位置等。目前已收集300基因，可供腫瘤基因工作者進行腫瘤基因之研究

收錄會造成人類疾病的相關基因資料及對人類健康的影響，並且提供了來自於rat、mouse、honey bee、drosophila等多種物種之已解讀完全的基因組及相關資訊，也提供blast的功能並有訂購clone的相關資訊

蛋白質的資料銀行。由美國Brookhaven國家實驗室建立。以X-光晶體繞射和磁核共振（NMR）所建構出的三度空間立體結構為數據來源，也收錄了理論模擬所獲得的結構模型。PDB內最主要的資料有：原子的空間座標、蛋白質的一級結構、形成二級結構（α-helix/β-sheet）的胺基酸序列、雙硫鍵（disulfide bond）的聯結模式等

為一生物資訊綜合入口網站，收集有關序列分析、proteomics及genomics相關網站的超連結

主要提供基因的整理功能。例如Reverves-comple可將已有的序列反轉再互補；Promoter Inspector具有尋找哺乳動物基因上啟動子位置之功能；也可由系統中的統計軟體計算出序列中GC的比例

美國菌種保藏中心，又稱美國模式菌種收集中心。目前可提供菌種或細胞的訂購，也可提交實驗室所發現的菌種，此中心將所有儲存於此的細菌、細胞進行建檔、保存和分類，並且還有培養各種菌種的條件及相關資訊

收集各種真核生物的啟動子（promoter）並加以注釋，注釋的部分包含initiation site mapping data，並交叉引用其他的資料庫以及相關文獻

提供了實驗小鼠的遺傳學、染色體學及生物學的合併資料，包括：基因的標定註解和對偶基因及體表型的搜查

可用來分析蛋白質序列中親水及疏水區域分佈，根據結果可判斷該蛋白質在生物體中可能具有的功能

蛋白質序列資料庫，由歐洲生物資訊學研究所（EBI）維護。資料庫由蛋白質序列項目構成，每個項目包含蛋白質序列、引用文獻資訊、分類學資訊及注釋等，而注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位置及區域、與其他序列的相似性、序列殘缺與疾病的相關性等

網站中包含對蛋白質區域多重序列比對，利用Hidden Markov Models（HMM）對蛋白質家族的分類；PROSITE為蛋白質序列形式的資料庫；PRINTS為蛋白質指紋圖譜資料庫；USPO-PRT則收集10280筆美國專利的蛋白質序列；DSSP、HSSP及FSSP為結合蛋白質一級、二級、三級結構的資料庫；PDB收集蛋白質與DNA三級構造；SCOP、CATH為蛋白質結構分類資料庫